Il Com.It.Es. di Colonia ha istituito al suo interno le seguenti commissioni:
- Istruzione e giovani
- Rapporti con le istituzioni e nuovi arrivi
- Associazionismo, sociale, anziani
- Imprenditoria e occupazione
Le Commissioni sono gruppi di lavoro, presieduti da un eletto nel Comites, istituiti per affrontare temi specifici, delle quali possono essere chiamati a far parte esperti esterni, compatibilmente con le esigenze di bilancio. Alle loro riunioni può partecipare il capo dell’ufficio consolare o un suo rappresentante, appositamente delegato. Esse possono agire esclusivamente in ottemperanza alle delibere prese dall'Assemblea del Comites (v. Legge istitutiva dei Comites art. 12).